MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams3 plasmid pAms3

Total Repeats: 150

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020949	GTT	2	6	194	199	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478464853
2	NC_020949	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	478464853
3	NC_020949	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	478464853
4	NC_020949	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	478464853
5	NC_020949	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	478464853
6	NC_020949	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	478464853
7	NC_020949	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	478464853
8	NC_020949	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	478464853
9	NC_020949	GGA	2	6	782	787	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478464853
10	NC_020949	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478464853
11	NC_020949	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	478464853
12	NC_020949	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478464854
13	NC_020949	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478464854
14	NC_020949	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478464854
15	NC_020949	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	478464854
16	NC_020949	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478464854
17	NC_020949	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478464854
18	NC_020949	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	478464854
19	NC_020949	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	478464854
20	NC_020949	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478464854
21	NC_020949	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478464854
22	NC_020949	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	478464854
23	NC_020949	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	478464854
24	NC_020949	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	478464854
25	NC_020949	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478464854
26	NC_020949	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464854
27	NC_020949	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	478464854
28	NC_020949	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	478464854
29	NC_020949	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	478464854
30	NC_020949	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478464854
31	NC_020949	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478464854
32	NC_020949	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478464855
33	NC_020949	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478464855
34	NC_020949	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478464855
35	NC_020949	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464855
36	NC_020949	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464855
37	NC_020949	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	478464855
38	NC_020949	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464855
39	NC_020949	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	478464855
40	NC_020949	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	478464855
41	NC_020949	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	478464855
42	NC_020949	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464855
43	NC_020949	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478464855
44	NC_020949	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478464855
45	NC_020949	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478464855
46	NC_020949	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	478464855
47	NC_020949	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464855
48	NC_020949	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478464855
49	NC_020949	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464855
50	NC_020949	TTAAT	2	10	3161	3170	40 %	60 %	0 %	0 %	478464855
51	NC_020949	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464855
52	NC_020949	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	478464855
53	NC_020949	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	478464855
54	NC_020949	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	478464855
55	NC_020949	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478464855
56	NC_020949	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	478464855
57	NC_020949	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478464856
58	NC_020949	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464856
59	NC_020949	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	478464856
60	NC_020949	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478464856
61	NC_020949	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478464856
62	NC_020949	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	478464856
63	NC_020949	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464856
64	NC_020949	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464856
65	NC_020949	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464856
66	NC_020949	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478464856
67	NC_020949	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478464856
68	NC_020949	ACGTTA	2	12	4369	4380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478464856
69	NC_020949	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	478464856
70	NC_020949	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	478464856
71	NC_020949	TTGG	2	8	4483	4490	0 %	50 %	50 %	0 %	478464856
72	NC_020949	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464856
73	NC_020949	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478464856
74	NC_020949	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	478464856
75	NC_020949	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	478464856
76	NC_020949	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	478464856
77	NC_020949	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464856
78	NC_020949	ATTA	2	8	4629	4636	50 %	50 %	0 %	0 %	478464856
79	NC_020949	ATA	2	6	4751	4756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478464857
80	NC_020949	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478464857
81	NC_020949	ACA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478464857
82	NC_020949	AAT	2	6	4873	4878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478464857
83	NC_020949	TGG	2	6	4965	4970	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478464857
84	NC_020949	TTG	2	6	4985	4990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478464857
85	NC_020949	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478464857
86	NC_020949	AAC	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478464857
87	NC_020949	TAA	2	6	5076	5081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478464857
88	NC_020949	AGG	2	6	5130	5135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478464857
89	NC_020949	CAG	2	6	5195	5200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478464857
90	NC_020949	ATT	2	6	5203	5208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478464857
91	NC_020949	GGC	2	6	5224	5229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478464857
92	NC_020949	GTT	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478464857
93	NC_020949	TCA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478464857
94	NC_020949	ATT	2	6	5329	5334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478464857
95	NC_020949	T	6	6	5460	5465	0 %	100 %	0 %	0 %	478464857
96	NC_020949	CAAA	2	8	5479	5486	75 %	0 %	0 %	25 %	478464857
97	NC_020949	TTA	2	6	5594	5599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478464858
98	NC_020949	A	6	6	5617	5622	100 %	0 %	0 %	0 %	478464858
99	NC_020949	CAA	2	6	5734	5739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478464858
100	NC_020949	ATT	2	6	5757	5762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478464858
101	NC_020949	A	6	6	5811	5816	100 %	0 %	0 %	0 %	478464858
102	NC_020949	T	6	6	5912	5917	0 %	100 %	0 %	0 %	478464859
103	NC_020949	GGA	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478464859
104	NC_020949	ACA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478464859
105	NC_020949	A	6	6	5992	5997	100 %	0 %	0 %	0 %	478464859
106	NC_020949	TCT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478464859
107	NC_020949	ATCA	2	8	6111	6118	50 %	25 %	0 %	25 %	478464859
108	NC_020949	A	7	7	6129	6135	100 %	0 %	0 %	0 %	478464859
109	NC_020949	CAT	2	6	6158	6163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478464859
110	NC_020949	AAC	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478464859
111	NC_020949	ATA	2	6	6265	6270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478464859
112	NC_020949	CCTAG	2	10	6280	6289	20 %	20 %	20 %	40 %	478464859
113	NC_020949	AAG	2	6	6302	6307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464859
114	NC_020949	TTG	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478464859
115	NC_020949	AATT	2	8	6326	6333	50 %	50 %	0 %	0 %	478464859
116	NC_020949	TTCTA	2	10	6357	6366	20 %	60 %	0 %	20 %	478464859
117	NC_020949	TCGG	2	8	6397	6404	0 %	25 %	50 %	25 %	478464859
118	NC_020949	GAA	3	9	6412	6420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464859
119	NC_020949	GAT	2	6	6451	6456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464859
120	NC_020949	TA	3	6	6478	6483	50 %	50 %	0 %	0 %	478464859
121	NC_020949	T	6	6	6515	6520	0 %	100 %	0 %	0 %	478464859
122	NC_020949	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478464859
123	NC_020949	TCG	2	6	6531	6536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478464859
124	NC_020949	TC	3	6	6544	6549	0 %	50 %	0 %	50 %	478464859
125	NC_020949	TCT	2	6	6558	6563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478464859
126	NC_020949	AGA	2	6	6567	6572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464859
127	NC_020949	AGA	2	6	6609	6614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464859
128	NC_020949	A	7	7	6701	6707	100 %	0 %	0 %	0 %	478464860
129	NC_020949	T	6	6	6720	6725	0 %	100 %	0 %	0 %	478464860
130	NC_020949	A	8	8	6726	6733	100 %	0 %	0 %	0 %	478464860
131	NC_020949	CTT	2	6	6745	6750	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478464860
132	NC_020949	AAG	2	6	6759	6764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464860
133	NC_020949	CTTC	2	8	6768	6775	0 %	50 %	0 %	50 %	478464860
134	NC_020949	ATT	2	6	6830	6835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478464860
135	NC_020949	GAA	2	6	6864	6869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464860
136	NC_020949	AAG	2	6	6877	6882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464860
137	NC_020949	CTT	2	6	6942	6947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478464860
138	NC_020949	A	6	6	6955	6960	100 %	0 %	0 %	0 %	478464860
139	NC_020949	CAA	2	6	7003	7008	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478464860
140	NC_020949	AGTT	2	8	7027	7034	25 %	50 %	25 %	0 %	478464860
141	NC_020949	TCT	2	6	7047	7052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478464860
142	NC_020949	CCAA	2	8	7096	7103	50 %	0 %	0 %	50 %	478464860
143	NC_020949	AT	3	6	7145	7150	50 %	50 %	0 %	0 %	478464860
144	NC_020949	CTTC	2	8	7251	7258	0 %	50 %	0 %	50 %	478464860
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150	NC_020949	ACA	2	6	7397	7402	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478464860

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.